Les fonctionnaires de l’Etat placés en congé de longue maladie ou de longue durée n’ont pas droit au maintien des indemnités attachées à l’exercice des fonctions, comme l’indemnité de fonctions, sujétions et d’expertise (IFSE), et le complément indemnitaire annuel (CIA). Dans une affaire récente, le juge des référés a ainsi conclu à l’impossibilité pour une collectivité territoriale d’instaurer un régime indemnitaire prévoyant le maintient de ces dispositifs pour ses agents, sachant que le régime indemnitaire qu’un organe délibérant territorial est libre de fixer ne peut être plus favorable à celui dont bénéficient les fonctionnaires de l’Etat d’un grade ou corps équivalent.