La Cour des comptes a constaté une hausse de 21% des arrêts maladie dans la fonction publique entre 2014 et 2019 qui représenterait un total annuel de 11,9 milliards d’euros de rémunérations brutes chargées. Dans un rapport publié le 9 septembre 2021, elle appelle à « renforcer la maîtrise des arrêts maladies de courte durée » dans le secteur public. Pour y remédier, la Cour rappelle la possibilité pour les employeurs publics de moduler certaines indemnités en fonction des absences lorsque la fréquence des arrêts maladie est trop élevée ou le motif de pure convenance. En outre, afin d’éviter la propagation des maladies saisonnières, la Cour incite à mener des opérations de vaccination.